研究方向:海洋微生物学,生物地球化学

金沙8888js官方二级教授，博士生导师，上海深渊科学与工程技术研究中心主任，白玉兰纪念奖和临港英才获得者。美国德州农工大学博士，曾获美国航空航天局授予的“杰出研究奖”,于2009 年入选教育部“长江学者奖励计划”特聘教授，2016 年入选中组部 QR 创新人才项目。担任深海科学国际 SCI 期刊Deep-Sea Research I 主编，国家重点研发计划-深海关键技术与装备、深渊生物资源专项首席科学家。

长期从事深海嗜高压微生物学、海洋碳循环和生物地球化学研究，提出了微生物驱动的微生物介导的海洋碳循环“碳菌链”(PDPMC) 理论模型，在 Trends in Microbiology、Microbiome、Genome Biology 等杂志上发表论文 150 余篇。

01代表性著作

论文：

[1]Liu, R.L., Wei, X., Wang, L., Cao, J.W., Song, W.Z., Wu, J.X., Thomas, T., Jin, T.,Wei, W.X., Wei, Y,L., Zhai, H.F., Yao, C., Shen, Z.Y., Fang*, J.S., 2022. Novel Chloroflexi genomes from the deepest ocean reveal metabolic strategies for the adaptation to deep-sea habitats. Microbiome, DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-022-01263-6.

[2]Xu, Y., Yao H., Liu, Ying, LI J., Zhang, L., Fang*, J. Interaction and successional dynamics of microbial communities associated with sinking particles in the Pelagic Ocean[J]. Journal of Shanghai Ocean University, 2022,31(2):594-604.

[3]Wei X., Wang L., Wang Z., Peng, Q., Li, Y., Xu, Y., Fang, J., and Liu R., Composition and metabolic potential of microbial communities in the surface sediments of the Mariana Trench[J]. Journal of Shanghai Ocean University,2022,31(5):1235-1247.

[4]Wang, L., Shen, Z., Cheng, X., Hwang, J. S., Guo, Y., Sun, M., ... & Fang*, J. (2022). Metagenomic insights into the functions of microbial communities in sulfur-rich sediment of a shallow-water hydrothermal vent off Kueishan Island. Frontiers in Microbiology, 4621.

[5] Liu, Y., Zeng, M.C., Xie, Z., Ning, D.L., Zhou, J.Z., Yu, X ., Liu, R.L., Zhang, L., Fang*, J.S ., 2022. Microbial community structure and ecological networks during simulation of diatom sinking. Microorganisms, 10, 639.

[6] Xu, C., Wang, B., Heng, H., Huang, J., Fang*, J. & Wan, C. (2022). Comparative Network Biology Discovers Protein Complexes That Underline Cellular Differentiation in Anabaena sp. Molecular & Cellular Proteomics, 21(4).

[7]Zhang, Z., Li, Y., Yuan, W., Wang, Z., Fang*, J. & Wan, C. (2022). Proteomics‐driven identification of short open reading frame‐encoded peptides. Proteomics, 2100312.

[8]Sun, Y., Huang, J., Wang, Z., Pan, N., Fang*, J. & Wan, C. (2022). Identification of Microproteins in Saccharomyces cerevisiae under Different Stress Conditions. Journal of Proteome Research, 21(8), 1939-1947.

[9]Yao, S., Li, S., Zhan, Y., Fang*, J. & Wan, C. (2022). Proteome-wide analysis of stress response to temperature in Sulfolobus islandicus. Journal of Proteomics, 266, 104681.

[10]Peng, Z., Yao, S., Zhang, B., Huang, K.,Fang*, J. & Wan, C. (2022). Identification and analysis of smORFs in Chlamydomonas reinhardtii.Genomics, 114(5), 110444.

其他代表性出版物：

[1]Fang, J., and Barcelona, M. J., 1999. Evolution of aromatic hydrocarbon and metabolic intermediate plumes in a shallow sand aquifer contaminated with jet fuel, pp. 51-56. In: Proceedings of the 2000 Petroleum Hydrocarbons and Other Organic Chemicals in Ground Water: Prevention, Detection, and Remediation, Conference and Exposition, National Ground Water Association – American Petroleum Institute, December 3-6, 1999, Houston, TX.

[2]Fang, J., and Barcelona, M. J., 1997. The analysis of bacterial phospholipids using liquid chromatography/ electrospray/mass spectrometry, pp. 1464. In: Proceedings of the 45th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, American Society for Mass Spectrometry, June 1-5, Palm Spring, CA.

[3]Fang, J., Barcelona, M. J., DuPont, R. A., Sims, R., and Doucette, W., 1996. A critical review of bioremediation of fuels, Chapter 5, Monitoring Intrinsic Bioremediation Processes. American Petroleum Institute, Washington, D.C. Final Report.

[4]Fang, J., and Barcelona, M. J., 1996. Vertical geochemical profiling of an aquifer contaminated with JP-4 fuel, pp. 289-292. In: The 212th American Chemical Society National Meeting, August 25-29, Orlando, FL.

[5]Fang, J., Abrajano, T. A., Comet, P. A., Brooks, J. M., and Sassen, R., 1993. Characterization of Gulf of Mexico hydrocarbon seep communities, a molecular approach, pp. 649-656. In: Proceedings of the 16th International Conference on Organic Geochemistry, K. Oygard (ed.), Pergamon Press, London.

02近期主要科研项目

• 国家自然科学基金委微生物驱动的水圈元素循环重点基金（集成项目），2023.01-2024.12，主持。

• 上海市深渊生物圈前沿科学研究基地，上海市教委，2021.01-2025.12，主持。

• 国家自然科学基金委微生物驱动的水圈元素循环重点基金。2020.01-2023.12，主持。

• 国家重点研发计划“深海关键技术与装备”专项项目“深渊生物学资源勘探、获取和开发的前沿技术体系研究”, 科技部. 2018.08–2021.12，主持。

• 深部生物圈革兰氏阳性产孢子细菌孢子化以及孢子活化的定量分析和碳同位素分馏研究，国家自然科学基金委面上项目，2014.01–2017.12，主持。

• 高压条件下嗜高压细菌脂类生物合成过程中的碳同位素分馏研究，国家自然科学基金委面上项目，2014.01–2017.12，主持。

• 评价嗜高压细菌在南海深部碳循环中的作用，国家自然科学基金委重点

项目，2014.01–2017.12，主持。

03代表性专利

（1）方家松、曹军伟、陈家旺、潘彬彬、张宏鸽、葛晗、张大海、林渊；微生物胞外酶全海深保真酶学测定装置 申请号：CN202110680479.8
（2）方家松、曹军伟、陈家旺、潘彬彬、张宏鸽、葛晗、张大海、林渊；微生物胞外酶全海深保真酶学测定装置 申请号：CN202121362544.4
（3）方家松、吴勇、张宏鸽、包天强、曹军伟；基于表面增强拉曼光谱技术定量检测海水中β-半乳糖苷酶的方法 申请号：CN202111583690.4
（4）方家松，魏玉利，王珂，曹军伟，杨金龙，彭莉华，梁箫.深海短波单胞菌及其在诱导厚壳贻贝附着中的应用. 申请号：CN202011469883.2
（5）FANG, Jiasong; CAO, Junwei; CHEN, Jiawang; PAN, Binbin; ZHANG, Hongge; GE, Han;ZHANG, Dahai and LIN, Yuan；Pressure-retaining enzymatic assay apparatus for measuring microbial extracellular activities at full-ocean depth 申请号：AU2021104089

（6）谢喆，闫方方，方家松。重组低温过氧化氢酶及其重组载体和工程菌，申请号：202010264323.7。

04近期荣誉、获奖

• 上海市浦东新区“临港英才”，2021 年

• 上海市白玉兰纪念奖，2021 年

• 讲座教授，浙江大学海洋学院，2014-2017 年

• 讲座教授，同济大学海洋与地球科学学院，2010-2014 年

• 优秀研究奖(Research Excellence Award), 2003, National Aeronautics and Space Administration, American Society for Engineering Education and the Universities Space Research Association.

• NASA Summer Research Faculty Fellow (2002-2003), NASA Johnson Space Center, Houston, TX.